Ziel ist es, die Lebensstätten und Lebensgemeinschaften von seltenen, in ihrem Bestand bedrohten Pflanzen- und Tierarten zu erhalten. Der Bundesgesetzgeber hat mit § 30 Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG) wertvolle Biotope unmittelbar unter einen gesetzlichen Schutz gestellt. Ihr Schutz besteht von Gesetz wegen, unabhängig von ihrer tatsächlichen Erfassung im Rahmen der Kartierung.
Bestimmte Biotoptypen, die in § 30 BNatSchG genannt bzw. zusätzlich landesrechtlich genannt sind, fallen aufgrund ihrer besonderen Bedeutung als Biotope bundesweit unter gesetzlichen Schutz.